식물학자였던 동호는 한때 백두산에서 보았던 야생화에 매료되어
은퇴 후에도 씨앗폭탄을 통해 야생화를 퍼트리는 활동을 하고 있다.
그는 멸종위기종인 한 고산 식물을 복원하기 위해 온실을 짓고
10년 동안 그 야생화를 돌보는 중이다.
그러던 어느 날. 동호가 몰래 키우던 벌에 이웃 소녀 봄이가 쏘인다.
봄이 엄마는 경찰과 119대원과 함께 벌을 제거하기 위해 동호의 집을 방문하지만,
동호는 벌을 키우는 사실을 숨기며
오히려 벌들이 사라지면 인류도 멸종한다고 언성을 높인다.
얼마 지나지 않아 봄이는 체험학습으로 키우는 누에에게 줄 뽕잎을 찾으러
동호의 집을 다시 찾는다.
동호는 벌을 무서워하지 않는 봄이에게 친근함을 느끼게 된다.
동호는 봄이를 도와 뽕잎을 찾고 온실에서 함께 씨앗 폭탄을 만들며 점점 친해진다.
그렇게 두 사람의 우정이 쌓여가던 어느 날 봄이가 누에 키트만 남겨두고 어딘가 사라진다.
걱정 끝에 봄이의 학교를 찾아간 동호는 봄이의 선생님인 누리에게서 봄이가 가정폭력을 피해 도망쳐나온 상태임을 듣게 된다.
동호는 어떤 판단이 가장 현명할지 고민하던 끝에, 봄이를 위한 비밀작전을 개시한다.